Povoljan geografski položaj Banoštora na severnim obroncima Fruške Gore, na mestu gde je povoljan prelaz preko Dunava, činio ga je važnim strategiskim mestom u svim periodima. Tako su u Banoštru rimljani podigli logor Bononija sa pristaništem koju je, zajedno sa utvrđenjem Onagrinum u Begeču na levoj dunavskoj obali, služio za kontrolu rečnog saobraćaja. Ovo rimsko pristanište prvobitno je verovatno bilo praistorijsko zemljano utvrđenje (opidum) koje je takođe čuvalo prelaz preko Dunava. Rimsko utvrđenje nalazilo se na pravougaonom platou sa padinama na tri strane (istok, sever, zapad) i sa bedemima na ivici platoa. Nije poznat raspored svih objekata ali je arheološkom metodom utvrđeno da su na a istočnoj polovini bile velike terme. Otkriven je vodovod kao i veliko antičko groblje na padini brega, istočno od utvrđenja.
Od nalaza treba pomenuti rimski novac, opeke sa žigovima VI legije Herculia i II kohorte Alpinorum, kao i nekoliko kamenih spomenika sa natpisom koji su nađeni u današnjem selu. Zidano pristanište uglavnom je erodirano i delom se nalazi u koritu reke. U Banoštoru su bile stacionirane i kohorta Campanorum deo V legije Ioviae, kao i odred equites Dalmatae. U Banoštoru su boravili rimski carevi Julijan i Gracijan. Krajem XIX veka na potezu Milino brdo je slučajno iskopan grob sa spaljenim pokojnikom ranorimskog perioda. Na lokalitetu Đurikovačko gumno potvrđen je kulturni sloj koji sadržao keramiku datovanu u mlađu latensku fazu, kao i italski import iz vremena flavijevaca. Sa istog lokaliteta potiče spomenik sa natpisom na kome se pominje Septimije Sever.